在中科院重點部署項目和科技部“973”計劃等項目支持下,中科院昆明動物研究所通過與國內外高校、科研院所合作,解析了山羊的基因組,使其成為首個不依賴于遺傳圖譜而組裝到染色體水平的大型基因組。近日,該研究成果在線發表于國際學術期刊《自然―生物技術》。
山羊是最早被人類馴化的動物之一,也是人類農業和經濟發展的重要支柱物種之一。同時,山羊還可作為生物醫學研究的模型,用于復雜性狀的遺傳學基礎研究。
然而,盡管山羊對農業和生物學來說極其重要,由于缺乏參考基因組,目前對山羊的遺傳育種研究還略顯滯后。而山羊基因組測序對于遺傳標記輔助育種、改善山羊的經濟性狀具有重要作用。
為此,昆明動物所與來自深圳華大基因研究院、美國猶他大學、法國國家農業研究所等機構的科學家合作,通過整合使用新一代測序(ngs)技術和最新dna單分子光學作圖技術,克服ngs短讀支架的局限,生成長超級支架,完成裝配達到近染色體水平,成為首個不依賴于遺傳圖譜而組裝到染色體水平的大型基因組。
同時,通過微量核糖核酸(rna)轉錄組技術,該研究首次全面揭示了山羊絨囊、毛囊在轉錄層面的差異,鑒定了50多個與山羊絨形成密切相關的基因,為提高絨品質和我國特有資源絨山羊的選育提供了參考基因資源。
此外,科研人員還搭建了山羊基因組數據庫,以方便國內外研究人員更好地利用基因組數據進行山羊的育種和研究。
來源:中國日報
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