食用菌在運輸期間既要控制呼吸作用也要保持食用菌正常的新陳代謝，防止發生有害代謝。多數食用菌，如香菇、平菇、雞腿菇等，在氣溫低于15℃時，可用普通車運送，高于15℃時須用冷藏車（1～3℃）運送。遠途銷售或出口的鮮菇必須考慮運輸所需的時間和商家的銷售時間。香菇保鮮有效期因氣溫升高而縮短，氣溫在1℃時可保鮮18天，6℃時可保鮮14天，14℃時可保鮮7天，20℃時可保鮮4天。而高溫菇類草菇，不可低溫運輸，只能在15～20℃保存和運輸。

食用菌運輸前的包裝和裝箱很重要，除真空包裝外，普通的包裝都應保持一定的透氣性，否則，影響其正常代謝，影響產品風味；包裝不可過大，盡可能一次包裝減少破損；包裝箱不可過大，以減少擠壓，減少對菇形的破壞；路途要減少顛簸，以免造成菌體破碎；避免高溫運輸。（平綠）

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