日本由于消費者對基因食品安全性存有疑慮，并沒有從事轉基因作物種植，但卻有進口轉基因谷類，以制造食用油、飼料等食品。除公眾對安全顧慮外，日本國內也規定凡轉基因食品須附標簽，因此商家都不愿意在市場推出轉基因食品，測試消費者接受度。日本未禁止轉基因作物的種植，但相關條例十分嚴格，給想要在這方面投資的企業帶來阻力。日本的糧食供應一半以上依賴進口，隨著糧價不斷飚漲，政府也有所擔心，并表示，轉基因谷物或許是保障糧食供應和緩解環境問題的另一蹊徑。

日本農業部的官員說，由于公眾對轉基因食品心存疑慮，在商言商，日商家也就不會進行商業種植。不過，他表示，鑒于國外轉基因作物種植業的擴大，以及糧食需求殷切，日本目前也在探討未來從事這方面的商業種植業。

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