肉眼檢查（簡稱目檢）是診斷魚病的主要方法之一。用肉眼找出病魚患病部位的各種特征或一些肉眼可見的病原生物，從而診斷魚患了什么病。對魚體進行目檢的部位和順序是體表、鰓和內臟。具體方法為：

體表檢查

將撈出的活病魚或剛死不久的病魚放在魚盤或白瓷盤中，對頭部、嘴、鰓蓋、鱗片、鰭條進行仔細觀察，看是否有大型病原生物，就要根據患病部位的癥狀來辨別，并把觀察到的癥狀聯系起來加以綜合分析。如魚體發黑，口腔充血，背部肌肉發紅，剝皮肌肉出血，鰭基充血，肛門紅腫，為病毒性出血或腸炎；頭部烏黑，鰓蓋骨腐蝕成小洞或鰓絲發白腐爛，為爛鰓病；鱗片脫落，鰭條斷折，體表充血、發炎，為赤皮病；尾柄及腹部兩側出現腐爛成指印狀的紅斑，由外部爛入，為打印病；病變部位發炎、膿腫，有浮腫感覺，潰瘍部由肌肉內部爛出，表皮完好，為癤瘡病；生有舊棉絮狀白色物，為水霉病；表現出眼睛混濁，有白內障，為復口吸蟲病；病變部位發白，為白皮病；部分鱗片發炎紅腫，呈紅點，有針狀蟲體，為鐵錨蟲病；形似臭蟲狀的蟲體則為鲺；２齡青魚腹部膨大，鰓絲發白，貧血，為球蟲病；肛門紅腫，為腸炎病；鳙腹部膨大，眼睛突出，為血居吸蟲病；魚下唇突出，無其他癥狀，為缺氧浮頭嚎死；魚眼球突出，鱗片松立，一般為池水有毒所致。

鰓部檢查

鰓部的檢查，重點是鰓絲。首先應注意鰓蓋是否張開，然后用剪刀剪去鰓蓋，觀察鰓片的顏色是否正常，粘液是否較多，鰓絲末端是否有腫大和腐爛現象。如是細菌性的爛鰓病，則鰓絲末端腐爛，粘液較多；鰓霉病，則鰓片顏色比正常魚的鰓片顏色較白，略帶血紅色小點；如是口絲蟲、隱鞭蟲、車輪蟲、斜管蟲、指環蟲和三代蟲等寄生蟲性疾病，則鰓片上有較多粘液；如是中華鮐、狹腹鮐、雙身蟲、部分指環蟲、以及粘孢子蟲囊等寄生蟲，則常表現鰓絲腫大，鰓蓋張開等病狀。

內臟檢查

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