日本早稻田大學和東京大學大學共同研究組對日本等12個國家的人體腸道細菌群基因組數據進行了比較分析，發現各國家的人體腸道細菌群菌種組成具有巨大的差異，并明確了日本人腸道細菌群的獨特特征。
該共同研究組對106名日本人的腸道細菌進行了大規模的基因組分析，其結果顯示①在日本人腸道細菌群里發現了500萬個基因，加上外國人腸道細菌群中發現的，至少有1200萬個基因。②來自同一個國家的被測試者之間的腸道細菌群的類似性明顯高于來自其他國家的被測試者，也就是說各國都形成了具有獨特特征的腸道細菌群。
而且比較日本和歐洲、美國、中國等11個國家的相關數據發現，日本人腸道細菌群中①雙歧桿菌等占有優勢、古細菌相對少。②碳水化合物和氨基酸代謝功能相對高，而細胞運動性和復制、修復功能相對低。③氫氣在其他11個國家腸道細菌群中主要消費于甲烷的生成中，而日本人腸道細菌群中主要消費于醋酸的生成中。
除此之外，約有90%的日本人擁有分解海苔和裙帶多糖類的酶相關基因，而其他11個國家大約只有15%的人擁有，由此可知該酶在日本人集團中具有廣泛存在的獨特特征。
綜上所述的日本人腸道細菌群的特征，與其他國家相比對生體有益的機能較多，其整體有益性與世界第一的平均壽命和較低的肥胖率具有相關性.。
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