食用菌菌種在培養過程中均會不同程度的發生諸如綠霉、青霉、曲霉、根霉、毛霉以及細菌等雜菌污染，高溫季節尤為嚴重。生產過程中由于雜菌的侵害，往往會引起減產甚至絕收。因此，尋找雜菌污染的原因，對于提高栽培的成功率和提高經濟效益具有重要的意義。正常情況下，二級菌種和三級菌種的污染率在5%以下，如果超出了這一范圍，就需要我們查找原因了。造成菌種污染的原因如下：

（1）滅菌不徹底：培養料滅菌不徹底會造成雜菌污染，一般3-5天即可出現污染現象。而滅菌不徹底也是由于下列幾個原因引起的：

①霉菌操作不當：一般雜菌的菌絲體與孢子經過常壓100℃、6-8小時或121℃、0.5-2小時均能殺死。目前食用菌培養料往往采用常壓滅菌法或高壓滅菌法。常壓滅菌對谷粒、糞草等材料的滅菌難度較大，不容易完全達到滅菌的效果；而高壓滅菌法效果則要好得多。采用高壓滅菌時，關鍵是把鍋內冷空氣排盡，否則，鍋內不能達到飽和的蒸汽壓，滅菌的溫度也達不到要求。采用常壓滅菌時，滅菌倉的周圍最好砌成圓形，以便灶內升溫均勻，灶頂砌成圓拱形，這樣冷凝水沿四壁下流而不會打濕菌種瓶（袋）。另外蒸汽不足、溫度不高等也是常壓滅菌不徹底的因素。

②培養料性質的影響：制種所需材料的種類、培養料中的含菌量、含水量以及酸堿度等都能影響滅菌效果。滅菌時，要根據培養料配方的不同，選擇相應的滅菌時間。選用的培養料一定要新鮮無霉變。從培養料滅菌前微生物含量來看，微生物數量越高則滅菌時間越長，反之則短，所以培養料配制完畢后必須及時滅菌，裝袋后的菌種千萬不要過夜后再上鍋滅菌，以免微生物大量繁殖，導致料內的含菌量升高，并且會造成料中營養損失。水的熱傳導性能比木屑、糞草等固體要強，如果培養料內水分均勻適宜，則滅菌效果好。培養料中應避免出現"夾心料"（即培養料中含有未吸水的干料）。滅菌鍋內的蒸汽對夾心料的穿透能力較弱，容易出現滅菌死角，達不到滅菌的目的。另外，培養料的酸堿度也影響滅菌的效果，偏酸的培養料比中性和偏堿性的滅菌時間要短。

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